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L'ensemble des Kouriles fait aujourd'hui partie de la fédération de Russie, plus précisément de l'oblast de Sakhaline. Toutefois, le Japon réclame toujours les quatre îles Kouriles les plus méridionales (Kounachir, Itouroup, Chikotan et l'archipel des îles Habomai soit un tiers de la surface totale), selon la frontière fixée par le traité de Shimoda signé par le Japon et la Russie le 7 février 1855, et arguant du fait que le traité de San Francisco de 1951 (par lequel le Japon renonçait à ses droits sur les Kouriles) :
Sources : fr.wikipedia.org
ne précise pas quelles îles exactement comprend la dénomination d'îles Kouriles ; n'a pas été contresigné par l'URSS. Le gouvernement nippon considère que les quatre îles qu'il revendique selon le traité de Shimoda sont partiellement des extensions d'Hokkaidō, et les appelle territoire du Nord (北方領土, hoppō ryōdo). Il ne revendique pas le retour à la frontière fixée par le traité russo-japonais de 1875 incluant les îles plus au nord. La Russie, comme le faisait auparavant l'URSS, se réfère pour sa part aux accords de Yalta de 1945, qui prévoient la cession des îles Kouriles à l'URSS en échange de sa participation à la guerre contre le Japon, et considèrent que le renoncement japonais concerne l'ensemble de l'archipel. Le Japon rétorque que, faute de signature d'un traité de paix avec la Russie et d'une reconnaissance par la Russie du traité de San Francisco et compte tenu du caractère arbitraire et unilatéral de la déclaration soviétique d'annexion de 1946, la question de la définition de cette frontière reste un élément négociable avec l'actuelle Russie. Le Japon négocie encore avec elle le statut des populations japonaises (et autochtones aïnoues) des Kouriles expulsées en 1946, afin de permettre leur réinstallation dans l'archipel et son développement économique. Les chances de parvenir à un compromis s'amenuisent lorsque la Diète du Japon adopte le 3 juillet 2009 une loi affirmant la souveraineté du Japon sur les quatre îles, le texte déclarant que le Japon « fera tous ses efforts pour obtenir la restitution au plus tôt des îles qui font partie intégrante du pays ».
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Le gouvernement russe a déclaré en réaction : « Nous considérons l'adoption de cette revendication territoriale infondée vis-à-vis de la Russie comme inappropriée et inacceptable ». Ces îles offrent un intérêt stratégique majeur pour la Russie : en effet, tant que le Japon les possédait, les bateaux russes basés dans le port de Vladivostok n'avaient pas librement accès au Pacifique, d'autant qu'en hiver la mer d'Okhotsk est gelée. La navigation y est donc difficile, sauf dans le sud de l'archipel où le climat est plus doux. L'annexion des Kouriles après la Seconde Guerre mondiale a ainsi permis de renforcer la position géostratégique de l'URSS (puis encore de la Russie actuelle) sur cet océan, en facilitant l'accès à celui-ci en toute saison. Enfin, les forces armées de la fédération de Russie restent encore très présentes à Kounachir, l'île la plus proche des côtes japonaises. L'intérêt halieutique des Kouriles est un autre enjeu majeur : il concerne l'attribution des zones de pêche environnantes qui étaient très poissonneuses. Avant sa visite d'État au Japon pour le sommet de la coopération économique pour l'Asie-Pacifique (APEC) du 12 novembre 2010, le président russe Dmitri Medvedev se rend sur les îles le 1er novembre, une première pour un chef d'État russe depuis 1945. Le Premier ministre japonais Naoto Kan déclare « très regrettable » cette tournée, qu'il qualifie en février 2011 d'« outrage impardonnable ». Le ministre japonais des Affaires étrangères Seiji Maehara convoque le jour même l'ambassadeur de Russie à Tokyo pour protester contre cette visite.
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Sergueï Lavrov, Ministre russe des Affaires étrangères, déclare alors que le chef de l'État russe est libre de choisir « les régions russes » qu'il visite, et qu'il « ne voit aucun lien » entre une tournée sur ces îles et les relations russo-japonaises. Il juge « inacceptable » le mécontentement du Japon et annonce que l'ambassadeur japonais à Moscou sera convoqué. La tension monte encore lorsque Seiji Maehara demande à son ambassadeur de rentrer au Japon. Dans cette affaire, les États-Unis soutiennent le Japon et encouragent les deux pays à négocier un traité de paix. Selon le porte-parole du département d'État américain Philip Crowley, « les États-Unis soutiennent le Japon et reconnaissent la souveraineté japonaise sur les territoires du Nord ». Plusieurs visites de ministres russes sur les îles ont lieu par la suite, notamment du ministre de la Défense Anatoli Serdioukov, venu inspecter le 4 février 2011 une division d'artillerie. À la suite de ses visites, une manifestation est organisée le 7 février par des militants nationalistes japonais devant l'ambassade de Russie, pendant laquelle ils piétinent un drapeau russe déchiré, provoquant l'ire du Kremlin qui exige des poursuites. Le même jour, l'ambassade aurait reçu par courrier une balle accompagnée du message : « Les territoires du Nord sont une terre japonaise ».
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